Dries Vanthoor de BMW M Team WRT marcó el ritmo de la segunda práctica libre de las 6 Horas de Fuji. Vanthoor impuso un tiempo de 1:29.577 en el BMW M HYBRID V8 No. 15. Porsche Penske Motorsport por otro lado quedó en el segundo lugar de la mano de Matt Campbell en el Porsche 963 No. 5 con diferencia de 0.009, mientras que Alex Lynn, envuelto en una colisión en FP1, fue el tercero más rápido en el Cadillac V-Series.R No. 2 (0.015).
Esta vez el más rápido en LMGT3 fue el Ferrari 296 LMGT3 No. 55 de Vista AF Corse de la mano del piloto Alessio Rovera. El japones Hiroshi Koizumi terminó en el segundo puesto con el Corvette Z06 LMGT3.R No. 82 de TF Sport y diferencia de 0.169.
Queda por llevar a cabo la tercera sesión de prácticas y la sesión de clasificación en Fuji.